Η Ελένη Βερναδάκη σπούδασε κεραμική στο Hammersmith College of Art and Building του Λονδίνου (1957-1959). Επιστρέφοντας στην Ελλάδα το 1959, άνοιξε εργαστήριο στην Αθήνα, που το 1974 μεταφέρθηκε στην Κάντζα, σε κτήριο σχεδιασμένο από τον αρχιτέκτονα Τάκη Ζενέτο. Το 1961 έγινε μέλος της «Ομάδας Τέχνης α΄». Από το 1968 έως το 2015, διηύθυνε το Μορφολογικό Κέντρο Αθηνών (adc), που ίδρυσε με τον σύζυγό της, Νίκο Παπαδάκη, προωθώντας τη συμβίωση χειροποίητων κεραμικών με τη σύγχρονη ζωή. Ήταν ιδρυτικό μέλος του Συνδέσμου Σύγχρονης Τέχνης (ΣΥΣΤ) και συμμετείχε σε εκθέσεις στην Ελλάδα και το εξωτερικό.
Για πάνω από πενήντα χρόνια, η Βερναδάκη ανανέωσε ριζικά την κεραμική τέχνη στην Ελλάδα, συνδυάζοντας την παράδοση με τον μοντερνισμό του 20ού αιώνα και την εννοιολογική κεραμική. Κατάργησε τα όρια μεταξύ «υψηλής» και «ελάσσονος» τέχνης, όπως και μεταξύ χρηστικού και μη χρηστικού αντικειμένου, αντιμετωπίζοντας την κεραμική ως μέρος των εικαστικών τεχνών.
Στο έργο της συναντάμε και τραπέζια-φόρμες, τολμηρά κοσμήματα και άλλες συνθέσεις, χρησιμοποιώντας υλικά όπως μάρμαρο, ξύλο και πλαστικό. Εργάστηκε επίσης σε αρχιτεκτονικές εφαρμογές κεραμικής, συνεργαζόμενη με καλλιτέχνες όπως ο Γιάννης Μόραλης και ο Παναγιώτης Τέτσης. Αντιμετώπιζε την τέχνη ως μια ενοποιημένη διαδικασία που έδινε μορφή και υλοποιούσε τη δημιουργία, πέρα από τις καθιερωμένες κατηγοριοποιήσεις της τέχνης.